Ученые разработали биоинформатический инструмент scParadise, который позволяет с точностью до 99,9% определять типы клеток и предсказывать их свойства на основе данных расшифровки РНК. Разработка будет полезна в диагностике заболеваний: например, она поможет отличить раковые клетки от здоровых, а также выявить иммунные клетки, вызывающие хроническое воспаление при ожирении. Это, в свою очередь, позволит создавать персонализированные и более эффективные лекарства, действующие на конкретную мишень. Результаты исследования, поддержанного грантом Российского научного фонда (РНФ), опубликованы в журнале Nucleic Acids Research.
В биологии и медицине для исследования «внутренней жизни» клеток все чаще используют секвенирование РНК. Это подход, при котором специалисты расшифровывают и анализируют все молекулы, считанные с ДНК. Набор и количество таких молекул индивидуальны для разных клеток, поэтому по ним можно различить даже внешне похожие образцы — например, определенные типы иммунных клеток. Это бывает необходимо при диагностике заболеваний и поиске их причины.
Хотя современные приборы уже позволяют расшифровать РНК с высокой точностью, обработать полученные последовательности и безошибочно сравнить их друг с другом оказывается сложно. Вручную делать это очень долго, а существующие автоматические алгоритмы часто ошибаются, особенно когда имеют дело с необычными клетками, например, из редких опухолей. Это ограничивает применение РНК-секвенирования в медицинской практике.
Ученые из…
