Война с Японией ярко высветила незаурядный военный талант и высочайшие человеческие качества Кондратенко, большую часть своей армейской жизни проведшего в провинциальных гарнизонах.
Выбрав квалификацию военного инженера, он окончил последовательно Николаевскую инженерную академию и Академию Генерального штаба. В ноябре 1903 года, уже сорокапятилетним, назначен на должность начальника сформированной в Порт-Артуре 7-й Восточно-Сибирской стрелковой бригады.
А через два с половиной месяца разразилась русско-японская война. И генерал возглавил сухопутную оборону крепости.
Формально верховное командование находилось в руках начальника бывшего Квантунского укрепленного района генерал-лейтенанта А.М. Стесселя. Но своей должности, как единодушно сходятся в воспоминаниях участники событий, Анатолий Михайлович не соответствовал: вялый, безынициативный, оказавшись в центре реальных боевых действий, он свалил свои обязанности на тех подчиненных, кто был храбрее и энергичнее.
