Ученые международного проекта Codebook/GRECO-BIT в области вычислительной и статистической геномики установили, какие последовательности ДНК узнают малоизученные регуляторные белки человека. Специфичность 332 таких белков определяли пятью независимыми методами, работающими и в пробирке, и в живых клетках, а каждую построенную модель связывания проверяли на данных, полученных другими методами для того же белка. Надёжные мотивы удалось описать для 177 белков, причем для большинства из них мотива до сих пор не было известно вовсе; общее число транскрипционных факторов человека с охарактеризованной специфичностью превысило 1400. Полученный каталог позволяет предсказывать, с какими участками генома связывается тот или иной регуляторный белок и как на это связывание влияют отдельные мутации.
Codebook/GRECO-BIT — это масштабная международная коллаборация в области биоинформатики и молекулярной биологии, направленная на изучение специфичности связывания транскрипционных факторов (TF) с ДНК. Проект собирает экспериментальные данные и разрабатывает компьютерные методы, чтобы понять, какие именно участки ДНК распознаёт каждый такой белок. Это помогает лучше понимать работу генов, исследовать причины наследственных заболеваний, разрабатывать новые методы диагностики и лечения.
Четверть регуляторных белков ранее не имела описанного мотива связывания
В ДНК человека записана огромная «инструкция» по работе организма, но далеко не все гены работают одновременно. За их включение и выключение…
