Резюме геномного анализа патогенов имеет ключевое значение для отслеживания, понимания и содержания вспышек 1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13, но сложность и стоимость современных филогенетических инструментов ограничивают глобальный доступ к ним и их воздействие. Здесь мы представляем Делфи, точный переформулированный Bayesian Phylogenetics 14, 15, 1617 год, предназначенный для изменения скорости, масштабируемости и доступности при сохранении самой современной в байезианской точности. Для эффективного исследования и конвергенции деревьев в центральной структуре данных Delphys, явно мутируемом с помощью мутации дерева, используется высокий последовательность массивов данных о крупных эпидемиях 18, 19, 20. Воспроизведя ключевые анализы последних крупных эпидемий, включая Эболу1,21, Zika2, SARS-COV-2 (ref. 22), mpox3,4 и H5N1 (resp. 23, 24), мы продемонстрировали современную точность с увеличением скорости до 2-3 порядков величин. Оценивая масштабируемость Delphys, мы показываем, что смоделированный набор данных из 100 000 последовательностей может быть проанализирован в течение дня. Мы распространяем Delphy в качестве веб-приложения для клиентов, которое позволяет проводить местный интерактивный анализ исходных данных на компьютере пользователя. Дельфи автоматически выявляет основные вирусные линии и мутации, а также их появление и распространенность во времени с количественными неопределенностями на основе теории Байеса. Делфи устанавливает байесовскую филогенетику в качестве…
Масштабируемая в близком к реальному масштабе времени байесовская филогенетика для вспышек с Дельфи
Природа, опубликованная в Интернете: 16 сентября 2026 года; дои: 10.1038/s41586-026-11012-6 Delphi делает почти реальные и масштабируемые байезианские филогенетики возможными для роста вирусных вспышек, что позволяет органам общественного здравоохранения где бы то ни было анализировать свои собственные данные с самой современной точностью и минимальным коэффициентом трения.