У каждого второго малоизученного транскрипционного фактора нашли предпочтения к ДНК
Биологи существенно расширили словарь последовательностей ДНК, с которыми связываются белки — регуляторы транскрипции, благодаря проекту консорциума Codebook/GRECO-BIT. В результате более четырех тысяч экспериментов им удалось найти для 177 из 332 белков последовательности, по которым те узнают нужные участки ДНК. По оценке авторов, их данные добавили порядка ста ранее неизвестных мотивов — это примерно на 15 процентов расширило уже известный набор. Результаты работы опубликованы в пяти статьях, главная из которых вышла в журнале Nature.
Транскрипционные факторы узнают короткие последовательности ДНК, связываются с ними и тем самым меняют активность ассоциированных генов. Группы сходных коротких последовательностей, которые узнают транскрипционные факторы, называют мотивами связывания. Мутации в них могут серьезно повлиять на узнавание этих последовательностей белком и, соответственно, на активность генов. Это в свою очередь может привести к патологическим состояниям, аналогичным по проявлениям тем, которые происходят при поломке внутри кодирующей части гена. Однако в 2018 году более чем для четверти из примерно 1600 предполагаемых человеческих транскрипционных факторов надежные мотивы связывания оставались неизвестны.
Чтобы заполнить этот пробел, биологи из проекта Codebook под руководством Тимоти Хьюза (Timothy Hughes) из университета Торонто, Ивана Кулаковского (Ivan Kulakovskiy) из Института…
