ТП-БЕНЧ: Единый системный контрольный параметр для виртуальных пространственных транскриптомов из гистопатологических изображений

arXiv: 2609.05956v1 Annualce Type: New Humber Abstractics (NT) дает беспрецедентные данные о гетерогенности опухолей путем улавливания пространственно установленного выражения генов, однако его высокая экспериментальная стоимость препятствует широкомасштабному внедрению. В результате быстро появились вычислительные подходы, которые предсказывают пространственное гематоксилиновое и эозиновое выражение непосредственно с помощью слайдов, называемых виртуальным ST. Несмотря на этот прогресс, оценка прогресса в этой области по-прежнему сопряжена с трудностями из-за отсутствия достаточных контрольных показателей: при проведении предыдущих исследований использовались небольшие разнородные наборы данных, непоследовательная подготовка кадров и трубопроводы для анализа результатов, а также была проведена ограниченная оценка биологической интерпретируемости и надежности моделей. Для устранения этих пробелов мы представляем ТП-БЕНЧ, стандартизованный эталонный показатель для виртуальных моделей ST. В рамках программы SPP-BENCH имеется шесть типов раковых заболеваний, охватывающих две платформы ST (Visium and Xenium), причем для обеспечения статистической надежности в каждом комплекте учебных данных содержится более 30 000 точек и по меньшей мере 15 слайдов. Мы оцениваем 21 p