mdRNAcat: Каталог молекулярной динамики RNA Classolog of REST2 Conformational Ensembles
arXiv:2610.35204v1 Тип уведомления: новое резюме: Изучение молекулярных моделей РНК требует имитационных данных, которые позволяют фиксировать конформационную изменчивость и обеспечивать последовательные сигналы физической подготовки. Здесь мы введем mdRNAcat, кумулятивный набор данных для моделирования молекулярной динамики (MD) всех атомов 48 систем РНК, выбранных для поощрения разнообразия последовательности. Каждая система моделируется с использованием реплики обмена с растворительным масштабом (REST2), 32 штатами Гамильтона и длиной производства 200-300 нс в каждом штате. Набор данных обеспечивает атомные координаты, мгновенные силы и силы, переоценившиеся в рамках немасштабной эталонной системы Hamiltonian вместе со структурными аннотациями и метаданными обмена копией. Координаты и силы доступны через интервалы в 1 ps для исходного состояния и 100 ps между всеми штатами в стандартизованном формате HDF5. Мы характеризуем конструкционный отбор проб, поведение обмена, парирование оснований и распределение сахарного пукера для документирования свойств моделируемого ансамбля