Оценка эффективного размера выборки филогенетических деревьев в цепи, связанной с автокора

arXiv: 2603.0353521v2 Тип уведомления: заменить резюме: оценка эффективного размера выборки (ESS) является основополагающим элементом в байесовском филогенетичном выводе для учета автокоррелации в образцах MCMC. Хотя методы определения непрерывных параметров хорошо разработаны, дискретный и высокомерный характер древесного пространства создает значительные проблемы. В настоящем документе мы внедряем новый подход, основанный на условном распределении клейких цепей (КБО), с тем чтобы имитировать цепи MCMC с известными границами ЕСС. Мы сравниваем существующие оценки ЕСС с новыми подходами, в рамках которых КБО используются для распределения деревьев на трактуемых участках, а также новый вероятностный оценочный параметр, основанный на различиях в частотах клана между независимыми цепями. Используя наши моделируемые цепи как смоделированные, так и реальные наборы данных, мы оцениваем их способность восстановить настоящую ССЗ (аккуратность), их нечувствительность к удалению образцов, связанных с автокорабельностью, из цепочки (стабильность) и их терпимость к сочетанию нескольких цепей вместе.