Исследователи разработали два метода изучения эпигенома отдельных клеток, которые позволяют обрабатывать около 5000 клеток за эксперимент. По сравнению с прежним подходом подготовка образцов занимает меньше времени и обходится дешевле. Работа опубликована в журнале Cell Discovery.
Методы получили названия dscNanoATAC и dscNanoCUT. Они помогают исследовать доступность участков ДНК и химические изменения белков, вокруг которых она упакована. Эти характеристики связаны с регуляцией работы генов.
Авторы объединили коммерческое микрофлюидное устройство с технологией чтения длинных фрагментов ДНК. Образцы распределяют по микрокаплям и снабжают молекулярными метками, позволяющими впоследствии определить, какой клетке принадлежит полученная информация.
Для обработки примерно 5000 клеток подготовку библиотеки — набора фрагментов для последующего чтения — удалось сократить как минимум с недели до одного дня. В приведенном авторами расчете общая стоимость эксперимента, включая секвенирование, снизилась примерно с 9915 до 1945 долларов. Эти оценки относятся к условиям и ценам, использованным в исследовании.
